История начинается с известия о находке обнаженного тела Лоры Палмер, завернутого в полиэтилен и выброшенного волнами на берег озера. В городок Твин Пикс прибывает для проведения расследования агент Купер.
Во 2 сезоне сериала «Твин Пикс» расследование продолжается. Инцидент в отеле убеждает Купера в том, что он на верном пути. Объединившись с шерифом Труманом и его помощниками, агент ФБР приближается к разгадке. Между тем провинциалы пытаются смириться с утратой Лоры и жить дальше, Джеймс и Донна преодолевают очередной кризис в отношениях, а схватка за лесопилку оборачивается новой трагедией... Постепенно зритель открывает для себя темную и страшную сторону жизни обитателей на первый взгляд тихого и мирного городка.
В Твин Пикс Линч отправил экранное альтер эго — Кайла МакЛоклена, своего любимого актера, по мнению многих, еще и похожего на него внешне (это сходство, в частности, отмечает Деннис Лим, автор биографии Линча «Человек не отсюда»). А потом приехал и сам, в первый и последний раз придумав для себя роль — крикливого начальника регионального бюро ФБР Гордона Коула. Характер агента Купера режиссер прорабатывал самостоятельно, отдав остальных героев Фросту, и передал ему все свои странности. В Твин Пикс встретились Миссула и Филадельфия — рай и ад, порядок и разложение, природа и промышленность. Городок, окруженный лесами и водопадами, хранящий древние индейские легенды, жив благодаря лесопилке. Ее Линч и Фрост придумали еще до того, как начали работать над сюжетом и персонажами: «Мы знали, что там должна быть лесопилка». Для Линча, родившегося на Северо-Западе, и Фроста, выросшего на Севере, это была самая привычная деталь американской жизни.
К началу работы над сериалом Линч был уже продвинутым адептом трансцендентальной медитации, изобретенной Махариши Махеш Йоги — предприимчивым индийским гуру, открывшим для себя в конце 1950-х американский рынок духовных услуг. Медитация научила Линча быть внимательным к случайностям, так что все странности, происходившие на площадке, вошли в сериал. Забарахлила лампа? Очень хорошо, пусть мигает. Со стены упала голова оленя? Так все и останется. Актер сказал что-то невпопад? Лучший дубль. Внезапных озарений было столько, что иногда они тянули за собой новые сюжетные линии. Например, глядя на измазанную серым гримом Шерил Ли, лежащую трупом в пластике, Линч вдруг увидел кузину-двойника Лоры. Музыку для сериала режиссёр и композитор писали вдвоем: Линч усаживался рядом с Бадаламенти и рассказывал, что происходит с персонажами, а Бадаламенти наигрывал на клавишах свои ощущения от его слов. Летом 1991 года американский телеканал ABC показал последний эпизод второго сезона «Твин Пикс». Если бы телезрители тогда услышали, что спустя 25 лет новость о продолжении сериала осчастливит весь мир, они бы посмеялись.К этому моменту телепроект Дэвида Линча и Марка Фроста из тревожно-красивой сказки превратился в самопародию. После серии, в которой по требованию руководства канала была раскрыта личность убийцы Лоры Палмер, отвалилась серьезная часть аудитории. Линч, который планировал оставить главный вопрос «Твин Пикс» без ответа, тоже отвалился, и следующие без малого два десятка серий сняли без него. Получилось не очень. Линч был в ярости. Покинув проект, он поклялся себе больше никогда не связываться с телевидением.
