Обвинённые в террористической атаке на Кремль, Итан Хант и весь отряд "Миссия невыполнима" остаются без ресурсов и поддержки со стороны правительства. Президент США инициирует протокол "Фантом" и официально ликвидирует подразделение. Итану предстоит остановить ядерного террориста и очистить имя агентства, но делать это ему придется вместе с командой коллег, истинных мотивов которых он до конца не знает.