Родился 22 ноября 1965 года, Копенгаген, Дания. Родился в городском округе Копенгагена Эстербро, став вторым ребёнком в семье медсестры Бенте Кристенсен и банковского служащего Хеннинга Миккельсена. Он и его старший брат Ларс Миккельсен, также ставший актёром, выросли в округе Нёрребро. В юности занимался гимнастикой и танцами, учился в балетной академии Гётеборга. В 1996 году окончил театральную школу Arhus Theatre School и до середины 90-х годов работал в датской киноиндустрии. После небольших ролей в короткометражных фильмах «Кафе Гектор» (Café Hector) и «Цветы Заключённого» (Blomsterfangen), вышедших в 1996 году, он играет свою первую крупную роль — Тонни в фильме «Дилер». Затем снова последовала…