Джейкоб Баталон родился 6 июня 1996 года Гонолулу (Гавайи). Родители Джейкоба – филиппинцы. В возрасте четырех лет Джейкоб вместе с родителями отправился на Филиппины. По его словам, он хорошо понимает филиппинский язык, но разговаривать на нем не может.
После окончания католический средней школы Джейкоб поступил в местный общественный колледж, где изучал теорию музыки. Однако, вскоре после поступления Джейкоб бросил колледж и отправился в Нью-Йорк, чтобы поступить в Нью-Йоркскую консерваторию драматического искусства.
На большом экране актер дебютировал в 2017 году в фильме Джона Уоттса «Человек-паук: Возвращение домой», который стал вторым перезапуском франшизы серии фильмов о супергерое комиксов Человеке-пауке, созданной компанией «Marvel Comics». В фильме Джейкоб сыграл Лиз Неда – школьного друга главного героя Питера Паркера.
Следующей работой актера стал фильм Майкла Сакси «Привидение», основанный на одноименном романе американского писателя Дэвида Левитана. Сюжет фильма повествует о старшекласснице по имени Рианнон, которая влюбляется в духа, каждый день вселяющегося в тела разных людей. В картине «Приведение» Баталон сыграл роль Джеймса, в которого вселился этот дух.
В 2018 году Джейкоб снялся в фильмах «Кровавый фестиваль», «Вечерняя школа» и короткометражке «Watch Room».
